Il mesencefalo è una struttura nervosa interposta tra il diencefalo, che gli è anteriore e superiore, il cervelletto, che si trova posteriormente e il ponte che si trova posteriormente e inferiormente. E' contenuto nella fossa cranica posteriore e si rapporta anteriormente con l'osso sfenoide e posteriormente con l'osso occipitale. I peduncoli cerebrali, facenti parte del mesencefalo, sono delimitano la fossa interpeduncolare, dalla quale si vede emergere in nervo trocleare. Sulla superficie posteriore del mesencefalo c'è una lamina, detta lamina quadrigemina, poiché da essa sporgono 4 tubercoli, due superiori e 2 inferiori, i tubercoli quadrigemini. Tali collicoli sono formazioni di sostanza grigia che si trovano intercalate sulle vie ottica ed acustica. Anteriormente al tetto del mesencefalo decorre un canale detto acquedotto mesencefalico, interposto tra il terzo ventricolo (superiore) ed il quarto ventricolo (inferiore).
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